Лабораторная служба мегаполиса: новые подходы к управлению заболеваемостью населения в период пандемии на основе методов массового секвенирования генома вируса

  • Авторы: Кучерявых Е.С.1, Панарина Я.С.1, Веневцев Е.О.1, Комаров А.Г.2, Аксенова Е.И.3, Романова В.А.4, Цибин А.Н.3, Слуцкий Е.А.2, Штинова И.А.2, Шпакова О.Г.2, Беляева А.С.2
  • Учреждения:
    1. Правительство Москвы, Москва, Россия
    2. Диагностический центр (Центр лабораторных исследований), Москва, Россия
    3. Научно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента, Москва, Россия
    4. Департамент здравоохранения города Москвы, Москва, Россия
  • Выпуск: № 1 (2024)
  • Страницы: 31-38
  • Раздел: Статьи
  • URL: https://remedium-journal.ru/journal/article/view/1692
  • DOI: https://doi.org/10.32687/1561-5936-2024-28-1-31-38
  • Цитировать

Аннотация


COVID-19 стал одним из наиболее ярких примеров инфекционных заболеваний, обусловивших тяжёлую нагрузку на национальные системы здравоохранения, которое глобально повлияло на многие факторы жизни человека. Геномная последовательность РНК-содержащих вирусов постоянно меняется со временем. Множество новых мутаций в SARS-CoV-2 отмечено с момента его первого выявления в 2019 г. Секвенирование позволяет выявить последовательность нуклеотидов вируса, включая новые мутации. Быстрый мониторинг эволюции вируса и популяций циркулирующих штаммов является необходимым этапом в понимании биологических свойств новых вариантов вируса, динамики их трансмиссии. Такая информация является важной для служб общественного здравоохранения и разработки противоэпидемических мероприятий, которые влияют на благополучие человека, показатели продолжительности жизни, экономику страны. В период активного распространения новой коронавирусной инфекции в Москве оперативно трансформировалась вся лабораторная служба. Она стала централизованной, объединённой цифровым контуром с мощным аналитическим центром и современным оборудованием. В статье представлена эволюция лабораторной службы города в период пандемии, охарактеризованы ключевые этапы развития, описаны механизмы планирования нагрузки на медицинские организации с учётом динамики заболеваемости населения города Москвы, алгоритмы увеличения мощности лабораторных служб с учётом внешней эпидемиологической ситуации.

Об авторах

Екатерина Сергеевна Кучерявых

Правительство Москвы, Москва, Россия

Email: kucheryavyhes@mos.ru

Яна Сергеевна Панарина

Правительство Москвы, Москва, Россия

Email: panarinays@mos.ru

Евгений Олегович Веневцев

Правительство Москвы, Москва, Россия

Email: venevtseveo@mos.ru

Андрей Григорьевич Комаров

Диагностический центр (Центр лабораторных исследований), Москва, Россия

Email: komarovag@dcli.ru

Елена Ивановна Аксенова

Научно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента, Москва, Россия

Email: aksenovaei2@zdrav.mos.ru

Вероника Алексеевна Романова

Департамент здравоохранения города Москвы, Москва, Россия

Email: tsibinan@zdrav.mos.ru

Александр Николаевич Цибин

Научно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента, Москва, Россия

Email: slutskiyea@dcli.ru

Егор Анатольевич Слуцкий

Диагностический центр (Центр лабораторных исследований), Москва, Россия

Email: shtinovaia@dcli.ru

Ирина Александровна Штинова

Диагностический центр (Центр лабораторных исследований), Москва, Россия

Email: shpakovaog@dcli.ru

Ольга Геннадьевна Шпакова

Диагностический центр (Центр лабораторных исследований), Москва, Россия

Email: beliaevaas@dcli.ru

Анастасия Степановна Беляева

Диагностический центр (Центр лабораторных исследований), Москва, Россия

Email: 011

Список литературы

  1. Kaye A. D., Okeagu C. N., Pham A. D. et al. Economic impact of COVID-19 pandemic on healthcare facilities and systems: international perspectives. Best Pract. Res. Clin. Anaesthesiol. 2021;35(3):293—306. doi: 10.1016/j.bpa.2020.11.009
  2. Satiani B., Davis C. A. The financial and employment effects of coronavirus disease 2019 on physicians in the United States. J. Vasc. Surg. 2020;72(6):1856—1863. doi: 10.1016/j.jvs.2020.08.031
  3. Chang A. Y., Cullen M. R., Harrington R. A., Barry M. The impact of novel coronavirus COVID-19 on noncommunicable disease patients and health systems: a review. J. Intern. Med. 2021;289(4):450—462. doi: 10.1111/joim.13184
  4. Bell L., van Gemert C., Merilles O. E. Jr. et al. The impact of COVID-19 on public health systems in the Pacific Island Countries and Territories. Lancet Reg. Health West. Pac. 2022;25:100498. doi: 10.1016/j.lanwpc.2022.100498
  5. Abubaker Bagabir S., Ibrahim N. K., Abubaker Bagabir H., Hashem Ateeq R. COVID-19 and artificial intelligence: genome sequencing, drug development and vaccine discovery. J. Infect. Public Health. 2022;15(2):289—296. doi: 10.1016/j.jiph.2022.01.011
  6. Martin M. A., VanInsberghe D., Koelle K. Insights from SARS-CoV-2 sequences. Science. 2021;371(6528):466—467. doi: 10.1126/science.abf3995
  7. Beraud G., Bouetard L., Civljak R. et al. Impact of vaccination on the presence and severity of symptoms in hospitalized patients with an infection of the Omicron variant (B.1.1.529) of the SARS-CoV-2 (subvariant BA.1). Clin. Microbiol. Infect. 2023;29(5):642—650. doi: 10.1016/j.cmi.2022.12.020
  8. Arias A., Watson S. J., Asogun D. et al. Rapid outbreak sequencing of Ebola virus in Sierra Leone identifies transmission chains linked to sporadic cases. Virus Evol. 2016;2(1):vew016. doi: 10.1093/ve/vew016
  9. Quick J., Loman N. J., Duraffour S. et al. Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature. 2016;530(7589):228—232. doi: 10.1038/nature16996
  10. Dudas G., Carvalho L. M., Bedford T. et al. Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic. Nature. 2017;544(7650):309—315. doi: 10.1038/nature22040
  11. Gardy J. L., Naus M., Amlani A. et al. Whole-genome sequencing of measles virus genotypes H1 and D8 during outbreaks of infection following the 2010 Olympic Winter Games reveals viral transmission routes. J. Infect. Dis. 2015;212(10):1574—1578. doi: 10.1093/infdis/jiv271
  12. MacFadden D. R., McGeer A., Athey T. et al. Use of genome sequencing to define institutional influenza outbreaks, Toronto, Ontario, Canada, 2014—15. Emerg. Infect. Dis. 2018;24(3):492.
  13. Tsibin A. N. Laboratory service of Moscow: under the sign of centralization. Moscow medicine. 2016;S1(12):33—36.
  14. Melkumyan A. R., Tsibin A. N. Microbiological service of Moscow: ways of optimization and model of reorganization. Laboratory service. 2018;7(S2):115—116.
  15. Latypova M. F., Tsibin A. N., Komarov A. G. et al. Organization of genomic surveillance for SARS-CoV-2 within the Moscow City Health Department. Problemi socialnoi gigieni, zdra-vookhranenia i istorii meditsini. 2022;(Special Issue):1061—1066. doi: 10.32687/0869-866X-2022-30-s1-1061-1066
  16. Gushchin V. A., Pochtovyi A. A., Kustova D. D. et al. Dynamics of SARS-CoV-2 major genetic lineages in Moscow in the context of vaccine prophylaxis. Int. J. Mol. Sci. 2022;23:14670. doi: 10.3390/ijms232314670
  17. Traspov A. A., Minashkin M. M., Poyarkov S. V. et al. The rs17713054 and rs1800629 polymorphisms of genes LZTFL1 and TNF are associated with COVID-19 severity. Bulletin of RSMU. 2022;(6):35—40. doi: 10.24075/brsmu.2022.065

Статистика

Просмотры

Аннотация - 7

PDF (Russian) - 5

Cited-By


PlumX

Dimensions


© АО "Шико", 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Почтовый адрес

Адрес: 105064, г. Москва, ул. Воронцово Поле, д. 12, стр. 1

Email: redactor@remedium-journal.ru

Телефон: +7(495) 917-48-86

Редакция

Шерстнева Елена Владимировна
ОТВЕТСТВЕННЫЙ СЕКРЕТАРЬ
Национальный НИИ общественного здоровья имени Н.А. Семашко

105064, г. Москва, ул. Воронцово Поле, д. 12, стр. 1


E-mail: redactor@remedium-journal.ru

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах