РЕМЕДИУМРЕМЕДИУМ1561-59362658-3534Joint-Stock Company Chicot169210.32687/1561-5936-2024-28-1-31-38Original ArticleЛабораторная служба мегаполиса: новые подходы к управлению заболеваемостью населения в период пандемии на основе методов массового секвенирования генома вирусаКучерявыхЕкатерина Сергеевнаkucheryavyhes@mos.ruПанаринаЯна Сергеевнаpanarinays@mos.ruВеневцевЕвгений Олеговичvenevtseveo@mos.ruКомаровАндрей Григорьевичkomarovag@dcli.ruАксеноваЕлена Ивановнаaksenovaei2@zdrav.mos.ruРомановаВероника Алексеевнаtsibinan@zdrav.mos.ruЦибинАлександр Николаевичslutskiyea@dcli.ruСлуцкийЕгор Анатольевичshtinovaia@dcli.ruШтиноваИрина Александровнаshpakovaog@dcli.ruШпаковаОльга Геннадьевнаbeliaevaas@dcli.ruБеляеваАнастасия Степановна011Правительство Москвы, Москва, РоссияДиагностический центр (Центр лабораторных исследований), Москва, РоссияНаучно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента, Москва, РоссияДепартамент здравоохранения города Москвы, Москва, Россия151220241313815102025Copyright © 2024, АО "Шико"2024COVID-19 стал одним из наиболее ярких примеров инфекционных заболеваний, обусловивших тяжёлую нагрузку на национальные системы здравоохранения, которое глобально повлияло на многие факторы жизни человека. Геномная последовательность РНК-содержащих вирусов постоянно меняется со временем. Множество новых мутаций в SARS-CoV-2 отмечено с момента его первого выявления в 2019 г. Секвенирование позволяет выявить последовательность нуклеотидов вируса, включая новые мутации. Быстрый мониторинг эволюции вируса и популяций циркулирующих штаммов является необходимым этапом в понимании биологических свойств новых вариантов вируса, динамики их трансмиссии. Такая информация является важной для служб общественного здравоохранения и разработки противоэпидемических мероприятий, которые влияют на благополучие человека, показатели продолжительности жизни, экономику страны. В период активного распространения новой коронавирусной инфекции в Москве оперативно трансформировалась вся лабораторная служба. Она стала централизованной, объединённой цифровым контуром с мощным аналитическим центром и современным оборудованием. В статье представлена эволюция лабораторной службы города в период пандемии, охарактеризованы ключевые этапы развития, описаны механизмы планирования нагрузки на медицинские организации с учётом динамики заболеваемости населения города Москвы, алгоритмы увеличения мощности лабораторных служб с учётом внешней эпидемиологической ситуации.SARS-CoV-2 sequencingCOVID-19 pandemicmanagement solutionslaboratory servicemorbidity management in a megalopolisload planning of medical organizationsсеквенирование SARS-CoV-2пандемия COVID-19управленческие решениялабораторная службауправление заболеваемостью в мегаполисепланирование нагрузки медицинских организаций[Kaye A. D., Okeagu C. N., Pham A. D. et al. Economic impact of COVID-19 pandemic on healthcare facilities and systems: international perspectives. Best Pract. Res. Clin. Anaesthesiol. 2021;35(3):293—306. DOI: 10.1016/j.bpa.2020.11.009][Satiani B., Davis C. A. The financial and employment effects of coronavirus disease 2019 on physicians in the United States. J. Vasc. Surg. 2020;72(6):1856—1863. DOI: 10.1016/j.jvs.2020.08.031][Chang A. Y., Cullen M. R., Harrington R. A., Barry M. The impact of novel coronavirus COVID-19 on noncommunicable disease patients and health systems: a review. J. Intern. Med. 2021;289(4):450—462. DOI: 10.1111/joim.13184][Bell L., van Gemert C., Merilles O. E. Jr. et al. The impact of COVID-19 on public health systems in the Pacific Island Countries and Territories. Lancet Reg. Health West. Pac. 2022;25:100498. DOI: 10.1016/j.lanwpc.2022.100498][Abubaker Bagabir S., Ibrahim N. K., Abubaker Bagabir H., Hashem Ateeq R. COVID-19 and artificial intelligence: genome sequencing, drug development and vaccine discovery. J. Infect. Public Health. 2022;15(2):289—296. DOI: 10.1016/j.jiph.2022.01.011][Martin M. A., VanInsberghe D., Koelle K. Insights from SARS-CoV-2 sequences. Science. 2021;371(6528):466—467. DOI: 10.1126/science.abf3995][Beraud G., Bouetard L., Civljak R. et al. Impact of vaccination on the presence and severity of symptoms in hospitalized patients with an infection of the Omicron variant (B.1.1.529) of the SARS-CoV-2 (subvariant BA.1). Clin. Microbiol. Infect. 2023;29(5):642—650. DOI: 10.1016/j.cmi.2022.12.020][Arias A., Watson S. J., Asogun D. et al. Rapid outbreak sequencing of Ebola virus in Sierra Leone identifies transmission chains linked to sporadic cases. Virus Evol. 2016;2(1):vew016. DOI: 10.1093/ve/vew016][Quick J., Loman N. J., Duraffour S. et al. Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature. 2016;530(7589):228—232. DOI: 10.1038/nature16996][Dudas G., Carvalho L. M., Bedford T. et al. Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic. Nature. 2017;544(7650):309—315. DOI: 10.1038/nature22040][Gardy J. L., Naus M., Amlani A. et al. Whole-genome sequencing of measles virus genotypes H1 and D8 during outbreaks of infection following the 2010 Olympic Winter Games reveals viral transmission routes. J. Infect. Dis. 2015;212(10):1574—1578. DOI: 10.1093/infdis/jiv271][MacFadden D. R., McGeer A., Athey T. et al. Use of genome sequencing to define institutional influenza outbreaks, Toronto, Ontario, Canada, 2014—15. Emerg. Infect. Dis. 2018;24(3):492.][Tsibin A. N. Laboratory service of Moscow: under the sign of centralization. Moscow medicine. 2016;S1(12):33—36.][Melkumyan A. R., Tsibin A. N. Microbiological service of Moscow: ways of optimization and model of reorganization. Laboratory service. 2018;7(S2):115—116.][Latypova M. F., Tsibin A. N., Komarov A. G. et al. Organization of genomic surveillance for SARS-CoV-2 within the Moscow City Health Department. Problemi socialnoi gigieni, zdra-vookhranenia i istorii meditsini. 2022;(Special Issue):1061—1066. DOI: 10.32687/0869-866X-2022-30-s1-1061-1066][Gushchin V. A., Pochtovyi A. A., Kustova D. D. et al. Dynamics of SARS-CoV-2 major genetic lineages in Moscow in the context of vaccine prophylaxis. Int. J. Mol. Sci. 2022;23:14670. DOI: 10.3390/ijms232314670][Traspov A. A., Minashkin M. M., Poyarkov S. V. et al. The rs17713054 and rs1800629 polymorphisms of genes LZTFL1 and TNF are associated with COVID-19 severity. Bulletin of RSMU. 2022;(6):35—40. DOI: 10.24075/brsmu.2022.065]